Fonseca jest jedną z nielicznych, do tej pory istniejących marek Habanos, które zostały stworzone przez Kubańczyka.

Francisco E. Fonseca urodził się w 1868 w Manzanillo na wschodzie wyspy. Niewiele wiemy o jego młodych latach oraz jak trafił do świata tytoniu.

W 1892, w wieku zaledwie 24 lat otworzył niewielką fabrykę cygar w Habanie przy C/ Dragones 39.
Rozpoczął w niej produkcję własnych cygar Flor de Fonseca.

Marka została jednak oficjalnie zarejestrowana dopiero w 1907. Francisco, podobnie jak inni producenci najprawdopodobniej chciał uniknąć płacenia podatków w pierwszych latach działalności.

Fonseca był uważany za eksperta w dziedzinie tytoniu. Do swoich cygar dobrał bardzo delikatną mieszankę liści, które pochodziły z Vuelta Abajo, najsłynniejszego regionu upraw na Kubie.
Jego cygara zawsze cechowały się lekką mocą i świeżym aromatem przywodzącym na myśl kwiaty, czy zioła. Nigdy nie było w nich ciężkich, pieprznych, czy ziemistych nut. Zrównał sobie tym osoby oczekujące spokojnej i relaksującej degustacji.

Znany był też ze swojego przywiązania do sztuki. Dlatego kładł duży nacisk na to, aby cygara były pięknie pakowane. Wykorzystywał w tym celu cedrowe pudełka, które oklejano papierem zdobionym świetnymi litografiami.

Francisco Fonseca zasłynął też z żyłki do prowadzenia interesów.
Kiedy jego biznes na Kubie dobrze funkcjonował i zarabiał, postanowił przeprowadzić się w 1903 do Nowego Jorku, gdzie otworzył kolejną fabrykę przy 169 Front Street. Dzięki temu mógł czerpać jeszcze więcej z korzyści, jakie oferował rynek amerykański.

Mieszkając w stanach urodziła mu się czwórka dzieci, w tym trzech synów. Wspólnie z małżonką Teresą Boetticher, nadali każdemu z nich na imię Francisco.

Mimo tego, że Fonseca zadomowił się w Nowym Jorku i po czasie otrzymał amerykański obywatelstwo, to i tak regularnie podróżował na Kubę, aby doglądać biznesu.
O jego przywiązaniu do obydwu tych miejsc może świadczyć vista zdobiąca do dziś każde pudełko cygar Fonseca. Poza podobizną Francisco widnieje na niej Statua Wolności oraz zamek El Morro z Habany.

W okolicach 1910 roku, Fonseca wprowadził zupełnie nowy sposób prezentacji swoich cygar, który po dziś dzień wyróżnia je na tle innych marek.
Każde z nich jest owinięte washi, cienkim japońskim papierem, który podtrzymuje odpowiednią wilgotność zapewniając świeżość, chroni liść okrywowy przed uszkodzeniami oraz w symboliczny sposób podkreśla delikatność produktu.

Dzięki wprowadzeniu tej innowacji zyskał ogromny rozgłos, a jego cygara stały się jednym z najczęstszych wyborów podczas rozmaitych bankietów.

Wygenerowane zyski pozwoliły na przeniesienie produkcji do większej fabryki przy C/ Gervasio 128, a po pewnym czasie do jeszcze większej na C/ Galiano 102. Wraz z drugą z tych fabryk, Francisco przejął kilka mniejszych marek: Filoteo, Hamlet i Lurline. Żadna z nich jednak nie przetrwała do dzisiaj.

Fransico E. Fonseca zmarł w 1930 w wieku 62 lat na zawał serca.
Cygarowy biznes, który świetnie prosperował przejęła po nim jego żona Teresa.
W 1938 nawiązała współpracę z innymi lokalnymi producentami cygar tworząc spółkę Castañeda, Montero, Fonseca S.A., do której marka przynależała aż do triumfu rewolucji kubańskiej.

Po rewolucji i znacjonalizowaniu gospodarki, produkcja cygar marki Fonseca nie została wstrzymana. Mało tego, portfolio marki przetrwało do dziś w niemal niezmienionej formie.

Przez wiele lat Fonseca była wykonywana w fabryce Lázaro Pena, jednak obecnie przygotowuje się je w różnych fabrykach, w zależności od zapotrzebowania.

Marka znalazła dwie odsłony w postaci edycji regionalnych. W 2010 pojawiły się limitowane dla krajów Beneluksu Fonseca No. 4 (Hermoso No. 4, R48 x 127mm), a w 2011 do Francji trafiły Amateurs (Gordito, R50 x 141mm), które co ciekawe nie były owinięte w washi.

Wszystkie cygara Fonseca są wykonywane w całości ręcznie (totalmente a mano), większość z nich powstaje z całych liści tytoniu (tripa larga).
Tripa oraz capote, czyli liście stanowiące ich wnętrze, pozyskiwane są z regionu Vuelta Abajo gdzie rośnie najdoskonalszy tytoń na Kubie.

Delicia jest jedynym cygarem w portfolio marki, które jest wypełnione ciętymi liśćmi (tripa corta), które pochodzą z regionów Vuelta Abajo i Semi Vuelta.